微信公众号服务器配置关闭是不是小程序就无法使用？

可以开启的。

开启后，自动回复和自定义菜单可以授权给第三方平台，在第三方平台上管理即可，和你的服务器开启不冲突的。

公众号服务器配置，只影响公众号