云开发上传代码时，是不是要将系统自带的云函数和pages下面的文件夹删除掉，只保留自己开发的再上传？

上传什么内容？如果是云函数的话，开发者工具选中要上传的云函数右键就可以云安装或自己上传

没有关系，别说不用的云函数了，你可以在代码里写一堆废话，也可以上传。另外，上传代码并不会上传云函数的代码，只会上传小程序的代码，云函数的代码用的是部署。