对于同一个小程序能否设置不同的唯一标识？

只能通过登陆去区分用户，或者分享参数来吧

这不就是个业务逻辑问题吗？数据库里按每个企业区分清楚就好了。比如有赞小程序店，每家店不都是分开的，自己店里人看自己店里的数据。