小程序关联到企业微信小程序后，在微信里还会被搜索到么？

微信后台配置禁止“允许被搜索”即可不被搜索到

不提供注册功能只能用自己的公司账号登录不就可以了吗？

禁止被搜索，禁止被关联公众号，保管好小程序码。或者，做一个登录界面，只给企业内人员登录密码（提审的时候记得备注测试账号）