应该不行吧，小程序是基于微信客户端的，运行方式类似于浏览器打开页面，调用的接口也是微信所开放的，目前微信没有开放小程序独立于微信悬浮在桌面的接口吧，小程序的浮窗也只是允许悬浮在微信上面，微信隐藏，浮窗也隐藏了。