我也遇到同样的问题，坐等官方解决，规律如下：

pages目录下js引用miniprogram_npm中的模块，ok

app.js中引用miniprogram_npm中的模块，ok

其他目录下的js引用，全部不会在miniprogram_npm中找，只会在当前目录下找，具体如一级目录utils、common等，里面的js如果引用了module，不会在miniprogram_npm下找，导致找不到！！！！

重要一点在：开发工具是不存在这个问题的！！手机上100%出现，规律如上！！！！