如果只是营业执照注册号相同，如果此主体之前有改过公司名称等，那么就会被认为是不同主体。

我们之前也遇到过，服务号主体营业执照有改过名称，在年审的时候重新认证了（营业执照注册号相同，但营业执照的主体名称由变化）。之后就提示之前所有和服务号绑定的小程序，都和此服务号不是同一主体。我们的解决办法是把相关小程序再重新认证一遍。