我们的小程序是为公司旗下的咖啡厅等实体店铺提供服务的，目前的一家咖啡厅是采用加盟性质成立的，所以食品经营许可证的主体是总部的分公司，而小程序主体是我们自己公司。目前我们想申请附件的小程序，但在服务类目审核时只能提交食品经营许可证，没有地方提交证明材料（我们有加盟协议），因此多次审核均未通过。

所以想请教一下，这种情况下我怎么提交主体不一致的相关说明，以及需要哪些证明材料？