1. 插件功能页是通过在业务方页面添加functional-page-navigator标签并点击后进入的，原生我们使用<button open-type="getUserInfo">方式解密出微信用户uid然后绑定起来，现在使用functional-page-navigator是否还能获取到encryptedData、iv参数呢？

可以的，需要在 functional-page-navigator 的 args 上传入适当的参数。

2. 用户登录的分支功能很多，目前还没时间开发小程序版本，所以希望继续使用H5版本，请问在插件中申请了业务域名、服务器域名后(如aa.com)，具体业务方全接入插件功能页后还需要添加这些业务域名(aa.com)吗？

正如你所见，插件具有独立的域名列表。小程序不需要额外设置这些域名。