是的，公众号和小程序是不同的账号，虽然都是在微信公众平台登录的。另外公众号也分好多种，服务号、订阅号、企业号。要看你需要注册哪一种了，具体你看官方文档了解好了再注册。还有就是你小程序要有关注公众号的功能吗？建议你多看一下文档，跟你的功能对比一下，这好像属于诱导关注一类的，可能审核不会通过。